Действия игры Black Matrix Zero происходят в том же вымышленном мире, что и в оригинальной игре Black/Matrix, хотя и за сотни лет назад. Три человекоподобные рассы разделяют один и те же мир - расса людей с белыми крыльями , которых называют ангелами, расса черно-крылых людей, которых называют дьяволы, и расса бескрылые - люди. Те, кто носят крылья имеют большую силу и не обращают внимания на бескрылых. Ангелы правят миром с помощью религиозной организации под названием Церковь Prodevon'а.