Действие D.Gray-man разворачивается в Европе 19 века и рассказывает о противостоянии Графа Тысячелетия, строящего заговоры при помощи Акума - человекоподобных существ, представляющих собой живые орудия зла и соединяющих в себе душу умершего человека и механическое тело. С Тысячелетним Графом и Акумами борются экзорцисты Темной Религиозной Организации (Черного Ордена).

Экзорцисты - это особенные люди, наделенные взаимосвязью с "Чистой Силой", божественной субстанцией, созданной много веков назад для того, чтобы бороться со ставленниками Графа, которые называются Акума. Известно, что Чистая Сила в виде 109 частей разбросана по миру. Как только частица Чистой Силы вступит во взаимосвязь с подходящим человеком, она эволюционирует и превращается в оружие для борьбы с Акумой.