Продолжение ролевой игры Fullmetal Alchemist, основанное на известном аниме сериале. Вместе с двумя главными героями вы попадаете в волшебный мир алхимии. История начинается в городе пустыни Lior, который два брата Эдвард и Альфонс посещают в первой части серии. После раскрытия тайн культа Leto братья подвергаются нападению странных существ. Тем временем, ужас охватывает страну — люди во многих областях исчезают без следа… Чтобы узнать, кто стоит за этими зловещими событиями, братья отправляются к руинам Сисма-Сида, древней столице цивилизации Lebis… В игре появились новые боевые техники, основанные на взаимодействии сразу двух этих героев.