Основная забава в Ultimate Ninja - драки один на один. Пробиваться в элитные ряды взрослых синоби игрок начнет вместе с популярными персонажами этой манги. Наруто и его одноклассники пройдут серию испытаний и получат право на выполнение сначала простых, а затем сложных заданий. Например, необходимо прикончить противника за определенное время или не дать себя покалечить в процессе боя. Карьерный рост отмечается присвоением ранга: от ученика до рядового гэнина , затем чюнин , а там, глядишь, до «младшего» дзойнина и дзойнина дорасти удастся, если упорства хватит.