Сэм Фишер, специальный агент секретного подразделения "Третий эшелон" проникает в террористическую организацию в качестве двойного агента. Он должен помешать террористам использовать их ядерные заряды и так же не раскрыть себя. Фишеру неожиданно приходиться делать моральный выбор между спасением миллионов и смертью единиц.