В 1994 году компания выпустила модернизированную версию игровой приставки «Neo Geo AES» — «Neo Geo CD». Главным отличием новой игровой приставки было наличие привода для чтения компакт-дисков. Цена приставки оставалась достаточно высокой, но стоимость игр для нее стала значительно ниже. При том, что «Neo Geo CD» получила достаточно широкое распространение, в ней был ряд недостатков, главным из которых являлся CD-привод. Скорость чтения дисков была низкой и длительное ожидание загрузок игр быстро утомляло. Исправить этот недочет должна была модернизированная версия «Neo Geo CD», которая появилась в продаже в 1995 году, называлась она «Neo Geo CD (Z)». Скорость чтения с диска была увеличена в два раза, но было уже слишком поздно что-либо менять в старой игровой системе, балом теперь правили технически более совершенные игровые приставки нового поколения. Через три года после начала продаж производство «Neo Geo CD (Z)» было остановлено. Игровая приставка «Neo Geo CD» была первым провалом «SNK», не столько с коммерческой точки зрения, сколько с технической. Хроническая техническая отсталость продукции стала характерной чертой для компании, в период второй половины 90-х годов.