Третья часть в серии оказалась самой нетрадиционной. Повествование сделало скачок вперед на 15 лет, избавившись от большинства знакомых героев; боевая система ушла от заданных первыми двумя частями канонов и отняла у игрока контроль за половиной команды; немой протагонист уступил место системе Trinity Sight, позволяющей взглянуть на происходящее с точек зрения трех главных героев. И это позволило Suikoden III невероятно детально описать происходящие события, раскрыть огромное количество персонажей и в особенности антагониста.

Действие игры разворачивается во враждующих друг с другом Зексене и Грассленде; Хьюго, сын главы Карайского клана, Крис, капитан Зексенских Рыцарей, и Геддо, лидер отряда Гармонийских наёмников, оказываются вовлечены в поиски Огненосцев - легендарного отряда, в далеком прошлом противостоявшего Гармонии, и, судя по слухам, объявившегося вновь. Тем временем срок мирной договоренности между Грасслендом и Гармонией истекает...