Первая игра серии, Puyo Puyo, была разработана компанией Compile в 1991 году. Она использовала персонажей из ролевой игры Madou Monogatari, разработанной той же компаний в 1989 году. Впоследствии игра была портирована на ряд других систем.
В 1992 году компания Sega получила частичные права на серию и выпустила версию игры в виде аркадного игрового автомата, что привело к росту популярности серии. Игра также лицензирована компанией Nintendo. Sega и Nintendo выпустили версии игры для своих игровых консолей с персонажами своих популярных франчайзов — Sonic the Hedgehog и Kirby.
Последующие игры серии разрабатывались и издавались разными компаниями. В 2002 году, с закрытием компании Compile, разработка серии была продолжена внутренней студией Sonic Team, сохранившей частичные права на серию.
Игровой процесс игр серии напоминает игры «Тетрис» и Columns. Игровое поле представляет собой стакан, в который падают разноцветные круглые полупрозрачные создания с глазами, называемые Пуё. Игрок должен складывать их одинакового цвета так, чтобы они соприкасались. При создании цепочки из четырёх и более Пуё они исчезают с игрового поля. Особенностью игры является возможность создания серий — игрок может расположить Пуё таким образом, что при создании цепочки и исчезании одной группы созданий сложится следующая серия. Другой особенностью является наличие режима игры против компьютера или второго игрока, где при создании серии одним игроком в стакан другого падают «пустые» Пуё, исчезающие только при исчезании соседней с ними группы цветных существ.