Взаимодействие персонажей рассматривается через изометрической 3D РПГ движок (с всплывающими аниме диалогами), в то время как бои проходят в полном 3D, в центре оборонной системы Токио . Повествование ведется на основе автоматизированной системы моделирования событий, событие может произойти или нет. Игра также включает различные сценарии для персонажей - Синдзи, Рей, Асука, Gendo, и Kaworu.