Игра основона по одно-именному сериалу. В будущем грань между дигитальным и физическим мирами заметно стёрлась, кибертроника изменила жизнь человечества до неузнаваемости, создав новый синтетический уровень существования и сведя людей в единую Сеть. Однако сближение живых организмов и машин оказалось чревато опаснейшими последствиями, предоставив злоумышленникам невиданные доселе возможности манипулирования Rчеловеческим сознанием. Для предотвращения подобных технопреступлений и был создан Девятый Отдел. Это элитное подразделение полиции сканирует как физический, так и кибернетический миры для выявления вредоносной деятельности хакеров, кибер-террористов и взбесившихся машин. В случае необходимости на поимку преступников отправляется оперативная группа профессионалов, каждый из членов которой наделён особыми качествами. Бато, человек, начинённый электроникой, обладает стальными глазами и мощными бицепсами из титаниума. Детектив Тогуса, человек без каких-либо кибер-добавок, обогащает команду своей иррацинальной интуицией. Ведёт группу неотразимая Матоко Кусанаги, киборг с сознанием, близким к Божественному откровению. Когда в действии такая блестящая группа, прикрываемая в политической сфере шефом Девятого Отдела Арамаки и снабжённая впечатляющей военной технологией, мир может спать спокойно.