Первая RPG, основанная на вселенной Mega Man, Mega Man X: Command Mission отслеживает действия X, когда он проникает в Giga City Island для того, чтобы предотвратить осыществление жестоких планов Rebellion Army. Выбирая из семи доступных героев, вы можете создать ударную группу из трёх персонажей. В этой игре есть уникальная "Cross Order System", которая позволит вам проводить множемтвенные комбо- и завершающие атаки.