В данной игре Вы не увидите традиционного игрового процесса - собирание забавных предметов и мультяшные враги остались в прошлом. Сейчас перед Вашим героем стоит задание посерьезнее - спасение планеты от нашествия инопланетян, перед которым бессильны силы людей. Заодно, войска людей воюют и с другими созданиями, о которых они знают крайне мало - например с ежами. Герой - как раз еж, но не Соник, а персонаж по имени Shadow, и именно ему предстоит решить проблему безопасности местности, где он тихо и мирно проживал до конфликта - Emeralds. Выбор, на чью сторону стать в противостоянии, будет зависеть исключительно от Вас.