Сюжет в игре BloodRayne 2 полностью линеен. Игроку предстоит выполнять задания, которые можно выполнить одним способом, без права выбора. В основном придётся бегать по локациям, убивая врагов либо этими же врагами разрушать какие-либо объекты, чтобы пройти дальше. Всего в игре 8 уровней, которые делятся на 31 локацию. Между раундами происходит схватка с боссами. Сюжет развивается через временной промежуток в 60-70 лет, после событий, описанных в BloodRayne, в 2000-х годах. Рэйн отыскивает своих сводных братьев и сестер вампиров и убивает, пытаясь отомстить своему отцу, который убил семью её матери.