События игры разворачиваются в 2025 году, когда в прошлом могущественная корпорация Сега находится на грани разорения, занимая всего лишь 3 % японского игрового рынка. В токийском районе Ота, где компания некогда была основана, создан проект под кодовым названием Сегагага, призванный переломить ход конкурентной борьбы со злой компанией ДОГМА (пародия на Sony, главного противника Sega тех времён). В рамках проекта руководство нанимает на работу двух новых сотрудников, подростков Таро Сегу (главный герой игры, управляемый игроком) и Яёи Ханду — они должны вывести компанию в лидеры игровой индустрии. В сюжете в качестве камео присутствуют многие знаменитые персонажи компании, такие, например, как Алекс Кидд и Ёж Соник. Segagaga также отсылается к некоторым известным играм для первой и второй PlayStation, но параллели сильно завуалированы.

Главной задачей игрока, управляющего компанией Sega, является подавление компании DOGMA, стремительно развивающейся на рынке игровых приставок. Само противостояние напоминает реальную конкурентную борьбу между Dreamcast и PlayStation 2. Первая часть игры проходит в студии Sega, где главный герой сражается с другими сотрудниками компании и поднимается по карьерной лестнице. В случае проигрыша разработка растягивается на один месяц.