История начинается с легенды о Фантомайл, таинственной земле, которая питается снами людей, и никто не может припомнить свой сон, даже если он приснился только что.

Klonoa: Door to Phantomile совмещает стандартные элементы платформера с уникальными для того времени дополнениями. По отрендеренным трехмерным фонам можно было перемещаться только в заданном направлении, налево или направо. Игрок может стрелять во врагов с помощью специального оружия под названием «Пуля Ветра». Данное оружие на вид является огромным кольцом. Когда такая «Пуля» попадает во врага, он раздувается и переносится в руки Клоноа, и с того момента с противником можно проделать множество манипуляций, например, кинуть его в другого врага, или сделать с его помощью двойной прыжок, чтобы достичь мест до которых нельзя допрыгнуть просто так.
Клоноа может бегать, прыгать и решать различные паззлы, для того чтобы продвигаться по уровням, которые называются «видениями»…