Июль 1998 года. В окрестностях небольшого города Раккун-Сити недавно начали происходить чудовищные убийства. В полицейских рапортах указывалось, что нападения совершались группами примерно из 10 человек, а жертвы были как будто съедены. Полиции не удалось найти убийц, и тогда к делу привлекли специальный отряд «S.T.A.R.S.» (англ. Special Tactics And Rescue Squad — Специальный Тактический Спасательный Отряд), разбитый на команды «Альфа» и «Браво».
Сначала на расследование отправляется команда «Браво», с которой вскоре теряется связь. После этого на их поиски посылают команду «Альфа». Во время облёта местности, где с командой «Браво» была потеряна связь, бойцы команды «Альфа» замечают столб дыма, исходящий с земли, и принимают решение высадиться. После высадки члены отряда осторожно осматривают территорию. Выясняется, что дым шёл от вертолёта команды «Браво», однако найти самих членов команды им не удаётся, что также странно, в вертолёте лежит их нетронутое снаряжение…
Команда «Альфа» начинает прочёсывать местность. Всё идет нормально, пока вдруг член команды Джозеф Фрост не находит в траве пистолет. Подняв его, он вскрикивает, заметив, что рукоятку до сих пор сжимает чья-то оторванная рука. Внезапно из ниоткуда на него набрасываются ужасающего вида собаки. Джозеф оказывается застигнутым врасплох, другие члены команды тоже не успевают среагировать. Он пытается отбиться от собак, но силы неравны, и он погибает ужасной смертью прямо на глазах у товарищей.
Остальным бойцам удаётся уничтожить тварей. В это время пилот команды «Альфа» Брэд Викерс, услышав выстрелы, теряет самообладание и улетает, бросив команду. Видя улетающий вертолёт, бойцы теряются, однако вскоре неподалёку раздаётся рычание собак. Решив, что Джозефу уже не помочь, они спасаются бегством, на бегу отстреливаясь от тварей. Вскоре они замечают какой-то особняк и направляются туда. Дверь оказывается не запертой…

Особенности «Director’s Cut»:
«Обновлённая» версия Resident Evil на «Sony Playstation», названная «Resident Evil: Director’s Cut», была выпущена в сентябре 1997 года — через 18 месяцев после выхода оригинальной игры. Планировались удаления цензуры с кровавых сцен, стоявшие в европейской и северо-американской версиях игры. В версиях с цензурой видеоролик чёрно-белый, Крис не закуривает сигарету, когда его представляют, из многих роликов вырезаны фрагменты, например, в ролике про первого зомби больше нет оторванной головы Кеннета. В начале игры можно выбрать один из трех уровней сложности:
«Beginner» — низкий уровень сложности: количество патронов удваивается, враги становятся слабее.
«Original» — средний уровень сложности, тот же, что и в обычном Resident Evil.
«Advanced» — изменённый и самый сложный уровень сложности. Подробно отличия от обычного режима приведены ниже. Если в меню выбора сложности навести курсор на эту сложность и зажать стрелку вправо, надпись позеленеет, и количество патронов в игре удвоится и враги станут слабее — по сути получится низкая сложность.