Стержень сюжета — поиск таинственного артефакта под названием Сцион (англ. Scion — потомок, отпрыск) по заказу не менее таинственной (и к тому же богатой) мисс Жаклин Натлы. В ходе поисков выясняется, что Сцион, состоящий из трёх соединяющихся талисманов — часть древнего заговора трёх величайших полубогов-правителей античности, в числе которых оказывается и сама Натла, вернувшаяся к жизни после многовекового забвения и задумавшая воскресить с помощью артефакта сгинувшую расу атлантов. В поисках истины главной героине — Ларе Крофт — предстоит побывать в Перу, Греции, Египте, а также на неприметном острове в Атлантическом океане, который на поверку оказывается погребённой под водной толщей Атлантидой.