В третьей части "X" серии Мегамена власть над роботами захватил некий доктор Допплер. Вновь Мегамену придется сражаться с полчищами бегущих, ползущих и летящих роботов. В этой борьбе ему будет помогать его еще недавний противник по прошлым частям Зеро. В игре можно менять персонажи Мегамена на Зеро и обратно. В конце становится ясно, что Допплер лишь пешка в игре робота-злодея Сигмы. На Play Station эта часть была перенесена с приставки Super Nintendo и только выиграла от этого.