Сюжет является продолжением Langrisser II. После победы Эрвина над Злом в Эль-Саллии воцарился мир. Спустя несколько столетий на другом континенте, Йелессе, король Регенбурга Клеонесс пожаловал генералу Гизлову богатейшую провинцию за заслуги перед королевством. Но Гизлов удивил короля, попросив лишь одну деревушку. Король отдал ему эту деревню, и вскоре после этого Гизлов обложил эту деревушку непомерными налогами. Жители деревни не могли их выплатить, и староста деревни отправился на переговоры, которые закончились ничем. Глубокой ночью Гизлов организовал нападение на деревню и похитил Камень, в котором была заключены меч Света Langrisser (Лангриссер) и меч Тьмы Alhazard (Альхазард). Так же он похитил Сестру главного героя... Игра имеет нелинейный сюжет, и от некоторых действий в игре и ответов на вопросы игрок может закончить игру на стороне Зла!