События игры не происходят сразу после событий из «Halo 2». Комикс «Halo: Uprising» расскажет, что случилось между играми. В начале игры, Master Chief находится на Земле, где лояльные ковенанты (грубые, трутни и шакалы), под предводительством Пророка Истины, разрушают большую часть поверхности планеты. Корабли ковенантов висят над огромными раскопками неподалёку от руин Новой Момбасы, где был обнаружен огромный артефакт. Master Chief, вместе с сержант-майором Джонсоном и Арбитром, продвигаются через джунгли к заставе Космического Командования Объединённых Наций (ККОН). По пути, Master Chief начинает получать загадочные сообщения от Кортаны. Вскоре после прибытия на заставу, ковенанты начинают штурм базы. После короткой битвы, в ходе которой застава оказывается уничтожена, Master Chief получает приказ от коммандера Миранды Кис (дочери капитана Киса из первой игры) и лорда Худа очистить путь к африканскому городу Вой, а также уничтожить всю зенитную оборону ковенантов для предстоящей атаки на Истину и артефакт. После того как Master Chief и Арбитр уничтожают эту оборону, Истина активизирует артефакт и создаёт огромный портал, через который уходят все корабли ковенантов. Пока люди раздумывают что делать, из гиперпространства выпрыгивает ковенантный корабль управляемый Потопом, и эти паразиты быстро распространяются по всему городу. Master Chief и Арбитр пытаются отбить Потоп, и им в этом помогает новоприбывший флот элитов, которые затем подвергают инфицированные территории тщательной бомбёжке, превращая территории в стекло. Кис, Master Chief, Арбитр и флот элитов решают преследовать Истину. Они прыгают через тот же портал и оказываются возле огромной космической постройки (гораздо больше Ореола), в которой они узнают Ковчег. Они узнают, что Ковчег находится далеко за пределами Млечного Пути. Прибывает 343 Виновная Искра на транспорте элитов, обещая Master Chief’у любую помощь, так как с уничтожением вверенного ему Ореола (в первой игре) у него осталось лишь одно запрограммированное задание — помощь Исправителю (англ. Reclaimer), то есть Master Chief’у. В роли гида, Виновная Искра ведёт спартанца и Арбитра в контрольный зал Ковчега, где им едва удаётся остановить Пророка Истины, прежде чем он смог бы активизировать все Ореолы в галактике (это бы уничтожило всё разумное в пределах галактики). Коммандер Кис погибает в схватке, пытаясь спасти Джонсона. Тем временем, Высокое Милосердие, бывшая столица ковенантов, заражённая Потопом, прибывает через гиперпространство. Казнив Пророка Истины, Арбитр и Master Chief узнают что Ковчег находится в процессе создания ещё одного Ореола взамен того, которое уничтожил Master Chief. Решив активизировать кольцо чтобы уничтожить прибывший Потоп, Master Chief и Арбитр сперва летят на Высокое Милосердие чтобы забрать оттуда Кортану, которая всё ещё в плену у Могильного Разума — лидер Потопа. После её спасения, они уничтожают Высокое Милосердие, по видимому убив Могильный Разум. Прибыв на новосозданный Ореол, они быстро узнают что Могильный Разум всё ещё жив, пытаясь воссоздать себя на новой конструкции. Master Chief, Арбитр и сержант Джонсон быстро пробираются в контрольный зал, где они пытаются активизировать Ореол. Виновная Искра понимает, что это уничтожит новое кольцо, так как оно всё ещё не закончено и убивает Джонсона при попытке активизации. Тогда он восклицает Master Chief’у, «… Вы — Предтеч, но эта постройка МОЯ!», утверждая, что люди и есть Предтечи. Уничтожив Виновную Искру, Master Chief активизирует Ореол и еле убегает вместе с Арбитром на «Рассвете», корабле ККОН. На Земле проводятся почётные похороны погибших, а Арбитр улетает в свой родной мир. Многие считают, что Master Chief не добрался до Земли. Но короткое видео после финальных титров раскрывает, что он и Кортана отделились от Арбитра когда секция корабля оторвалась во время прыжка. Дрейфуя в космосе, Кортана сбрасывает бакен взывающий о помощи, а Master Chief садится в анабиозную камеру, ожидая спасения. Если игру пройти на Легендарной сложности, то видео продолжается сценой, где видна неизвестная планета, к которой приближается обломок.