В Pikmin 2, вместе с капитаном Олимаром (знакомым игрокам еще по первой части игры) и его помощником Луи, вам предстоит командовать отрядом маленьких разноцветных созданий пикминов. Ваша цель: собрать за десять дней 10000 поко, чтобы спасти родную компанию Hocotate Freight от полного разорения.

5 видов пикминов (двое из которых новые персонажи) отличающихся друг от друга не только цветом, но и навыками, оружием и способностями; 60 типов врагов, а также множество ловушек, подстерегающих героев на чужой планете.