Точкой отсчета для сюжета станет 2099-й год.
Очередной злой ученый вознамерился изменить ход истории для того, чтобы проклятый Человек Паук навсегда исчез из вселенной и не мешал ему проводить ужасные и бесчеловечные эксперименты.
Для воплощения своей гадкой мечты в жизнь злодей отправляется в прошлое с целью убить самого первого «Паука». Правда в последний момент о его планах прознает Человек Паук 2099. Герой будущего пытается остановить безумца, но, в конечном счете, упускает его и попадает во «временной пузырь» — образование во временной петле, которое позволяет ему связаться с Человеком Пауком из прошлого и предупредить о невеселом будущем. Вместе им нужно восстановить «правильный» ход истории.