Действие игры разворачивается сразу после событий, описанных в X-Men Legends, которую в "персоналочные" края доставить не соизволили. Извечные враги - "Люди Икс" профессора Ксавье и "Братство мутантов", возглавляемое коварным Магнето, - изрядно потрепанные еще в первой части, вынуждены объединиться перед лицом новой опасности. Злыдень с говорящей кличкой Апокалипсис, пропагандирующий лозунг "Выживает сильнейший", нанес удар по обеим организациям и собирается покончить как с людьми, так и с мутантами.
На вылазку разрешено брать четырех из 16 доступных героев.