Сюжет игры повествует о войне людей (Космические Силы Объединённых Наций) и ковенантов (союза нескольких инопланетных рас). Люди упорно сдают свои позиции на всех фронтах и форсируют проект «Новых спартанцев» (SPARTAN-II) — суперлюдей, которые призваны уничтожить ковенантов. Все научные силы по этому проекту базируются на планете Рич. Но ковенанты находят Рич и уничтожают планету вместе с новыми спартанцами. Спастись удаётся всего одному кораблю — «Pillar Of Autumn» («Столп Осени»), именно в этом корабле транспортируется последний выживший «Спартанец» — Master Chief (Джон-117). Именно за него предстоит играть. Корабль совершает слепой прыжок в гиперпространство и выходит из него рядом с таинственным инопланетным артефактом под кодовым именем Halo (Ореол — см. Гало)… Оказывается что данное кольцо является священным местом для ковенантов, да и корабль «Правда и Примирение» (Truth and Reconsilliation) Ковенантов сумел отследить прыжок «Столпа Осени»…
Стоит отметить что игра была явно вдохновлена романами из серии Мир-Кольцо Ларри Нивена, а также предыдущей игрой от Bungie — Marathon.