Blue Dragon - это эпическая история, главными героями которой являются мальчик Шу и несколько его друзей. Юные герои обладают удивительными способностями - они могут управлять различными Тенями - фантастическими созданиями, полностью повторяющими действия своего хозяина. Таким образом, ребята могут в любой момент превращаться из беззащитных детей в могущественных титанов, наделенных практически безграничными силами и в совершенстве владеющих магией. Юные воины могут самостоятельно создавать и развивать свой уникальный боевой стиль, используя в качестве базового несколько основных: Sword, Assassin и Power Magic. Как заведено в подобных играх, Шу наделен этим даром неспроста - героям предстоит нелегкое сражение с таинственным неприятелем, исходом которого должно стать освобождение целого мира от посягающего на его целостность Зла.