Действия игры происходят в южной части Тихого океана. Джек Карвер (протагонист) — бывший спецназовец, ныне владелец небольшой компании, сдающей в аренду лодки в Микронезии. Он получает задание сопровождать журналистку Валери Константин на остров Кабату. Подплыв к острову на скутере, Валери высаживается на него, а Джек остается на яхте. В этот момент с острова по яхте выстреливают из гранатомёта, и она разлетается в щепки. Джек успевает спрыгнуть до взрыва и плывет под водой на остров, обстреливаемый охранниками, и всплывает внутри давно заброшенного комплекса японских бункеров. Выбравшись, он обнаруживает недружелюбных наемников, которые устраивают за ним охоту. Джек находит телефон, по которому с ним связывается таинственный помощник и проводит его по острову. Герой оказывается в пещере, где ведутся какие-то секретные разработки и встречает мерзких чудовищ — трайгенов, мутировавших приматов. Он находит Валери, которая оказалась агентом ЦРУ. Она рассказывает ему про закрытые разработки одного учёного и они вместе решают взорвать лабораторию с помощью небольшого атомного заряда.