Сюжетная линия Rogue Ops предлагает нам весьма стандартную для шпионских игр историю. Секретная правительственная организация под названием «Феникс» (Phoenix) занимается подготовкой и проведением операций по уничтожению людей, представляющих угрозу обществу. Данная организация никогда не проводит открытых боевых действий против террористов и иных личностей, угрожающих мировой безопасности. Вместо этого «Феникс» засылает в тыл врага своих агентов, профессиональных шпионов, убийц и лучших в мире мастеров по проникновению в тщательно охраняемые здания. Эти люди беспрекословно подчиняются приказам и имеют в своем арсенале сверхновое оружие, а также инструменты, помогающие им выжить на враждебной территории и практически гарантированно обеспечивающие им безопасность. К числу этих людей относится и главная героиня игры по имени Никки Коннорс (Nikki Connors) – агент организации «Феникс», задействованная в операции против террористической организации «Омега-19». Ее цель: убить идеологов «Омега-19». Выполняя поставленное задание, Никки готова пойти на всё ради достижения цели. Дело в том, что некогда террористы убили её мужа и дочь, и теперь самое главное для Никки – это месть…