Final Fantasy XIII-2 является прямым продолжением Fantasy XIII. Действие сюжета развивается спустя два года после окончания оригинальной игры, где Лайтнинг вместе с командой товарищей спасли Кокон от падения на Пульс. Пока большинство выживших стараются начать новую жизнь, Лайтнинг куда-то пропадает и ее начинают считать погибшей. Однако сестра Лайтнинг, Сара, не верит в это и отправляется на поиски. Опасное путешествие девушки начинается с города, в котором она живет – на поселение нападают монстры, а молодой парень по имени Ноэл спасает героиню. Именно с этого момента они и отправляются искать пропавшую Лайтнинг.