События Harry Potter and the Half-Blood Prince разворачиваются согласно одноименному фильму, а, следовательно, и книге. Игроки вновь вернутся в таинственный замок Хогвартс, чтобы помочь Гарри подобраться ближе к разгадке очередной тайны, скрывающейся в стенах учебного заведения. Продолжается кровавая война с Волан-де-Мортом, министерство магии терпит поражение за поражением, а в самом замке прошла череда очень странных и пугающих событий. Однако, несмотря на войну, наши герои, Гарри, Рон и Гермиона, как и все нормальные подростки, продолжают учиться, ходить на вечеринки и влюбляться.