События игры повторяют то, что мы видели в телесериале Naruto. Наш герой в оранжевом костюме – сопливый ниндзя Наруто, подросток в трудном возрасте. Наруто живет в деревне Коноха; все его соотечественники – профессиональные наемные ниндзя, выполняющие самые ответственные поручения. Учится Наруто на двойки, не ладит с одноклассниками и взрослыми, но есть у него большая-пребольшая мечта: вырасти и стать настоящим героем, старейшиной всей деревни, уважаемым, мудрым и справедливым. О взрослении парнишки и рассказывает аниме-сериал, растянувшийся аж на двести двадцать серий и потом перешедший во второй сезон Naruto: Shippuuden, который и сейчас каждую среду идет по телевизору. Naruto: Rise of a Ninja берет за основу сюжет восьмидесяти начальных серий – первые приключения Наруто, экзамен на звание ниндзя, нападение прислужников Оротимару и битва с Гаарой.