Действия Ninja Gaiden 3 Razors Edge разворачиваются в столице Британии, Лондоне. Главный герой, Рю Хаябус, ведет борьбу с угрозой террористической атаки. Рю встречается с человеком по имени Регент Маска. Оказывается, что Маска имеет связь с таинственной организацией «Алхимики». Злодей накладывает на Хаябуса заклинание «Хватка убийства», делает из руки Рю и Драконьего меча одно целое. Вскоре после проклятия, главный герой встречается с сотрудницей Министерства обороны Японии, Мисуки МакКлоуд, для того чтобы прояснить ситуацию с организацией Алхимиков и проследить их связь с террористическими нападениями.