Сюжет Quantum Theory повествует о том, что в далеком будущем после мировой войны, человечеству был нанесен катастрофический ущерб. Те немногие кто выжил, образовали некое сообщество - «Кокон» (Cocoon), которому теперь угрожает новая опасность, источником которой является «Живая башня».
Чтобы выжить, люди собирают отряд, который должен уничтожить зло, что исходит из башни. Вы выступите в роли воина Сида, решительно настроенного на уничтожение башни. Ему будет помогать красивая и таинственная Филена. Вам вместе предстоит пройти нелегкий путь, прежде чем вы достигните заданной цели.