На Человека-паука, патрулирующего Нью-Йорк, нападают суперзлодеи Зелёный гоблин, Доктор Осьминог, Песочный Человек и Веном. Однако благодаря помощи Нового Гоблина герой побеждает врагов. Но сенсоры Человека-паука чувствуют новую опасность. Инопланетные монстры симбиоты нападают на них и на злодеев. Симбиоты похищают Зелёного гоблина, Доктора Осьминога, Песочного Человека, Венома и Нового Гоблина, а Человека-паука спасает полковник «Щ.И.Т.а» Ник Фьюри.
Ник объясняет ему, что симбиоты появились из метеоритов, упавших в пяти точках земного шара. Фьюри посылает Человека-паука, чтобы восстановить черепки метеоров. Помогать герою будут наёмники с суперспособностями: Мародёр и Серебряный Соболь.
В этих пяти точках где упали метеориты с симбиотами, Человеку-пауку придется встретится с суперзлодеями чей разум контролируют симбиотами, победив их, симбиоты потеряют контроль над их разумом, и недавние враги становятся союзниками в борьбе с симбиотами. В Японии Человек-паук и Чёрная кошка побеждают двух злодеев — Доктора Октопуса и Зелёного Гоблина, на острове Океания находятся зомбированные симбиотами злодеи Скорпион и Носорог, а также супергерой Железный Кулак. Человек-паук понимает, что черепки метеора были размещены для управлении сознанием таинственным злодеем. Злодей также управляет и симбиотами. В жарком государстве Египет Человек-паук находит суперзлодея Ящера который тоже сражается с симбиотами, и сражается с зомбированным суперзлодеем Песочным человеком. В румынской Трансильвании герой встречается с охотником на вампиров по кличке Блэйд и побеждает опасного симбиота Венома. А в государстве Непал Человек-паук получает чёрный костюм, усиливающий сверхспособности. Герой обнаруживает, что злой гений — Мистерио, использует каждый черепок метеора, чтобы сделать симбиотов более сильными для захвата мира. В конечном счете Человек-паук побеждает его и передает черепки Нику Фьюри, который решает проанализировать их и именует исследование как «Проект: Резня».