История Fatal Shadows рассказывает о нелегком путешествии девушки-убийцы по имени Айме, которая отправилась в долгий путь, чтобы найти своего пропавшего учителя. Шествуя по дорогам самурайской Японии, героиня Fatal Shadows вступает в пределы деревни, население которой вырезано группой странных злодеев. Осторожно пробираясь между остовами горящих домов, и трупами порубленных селян, Айме постоянно вступает в стычки с карателями, и, наконец, достигает центральной площади поселения. Здесь ей предстоит встретиться с персонажем по имени Рина, и узнать, что исчезновение уважаемого учителя Никамуры, связано с жуткой гибелью деревенских жителей. Не размышляя более ни секунды, Айме вступает на опасную дорогу спасения и возмездия, которая обильно полита кровью зарезанных со спины недругов.